Już na samym początku należy nadmienić, że określenie „manualny” oraz „automatyczny” nie dotyczą bezpośrednio biokominka, a jego „serca” – dokładnie palnika znajdującego się w środku. Można powiedzieć, iż odnoszą się one do sposobu działania oraz obsługi – „manualny” dotyczy obsługi ręcznej, zaś „automatyczny” zdalnej, a więc za pośrednictwem specjalnego urządzenia np. pilota. Biokominek z palnikiem manualnym wymaga od nas ręcznej regulacji wysokości oraz intensywności płomienia. Odbywa się to za pomocą dołączonego do urządzenia uchwytu do regulacji. Uchwyt ten jest w pełni bezpieczny – nie ma bezpośredniego kontaktu z płomieniami. Niewielkiej wielkości uchwyt pozwala nam przesuwać pokrywę palnika tak, by uzyskać pożądany efekt ognia. Palnik manualny wymaga ręcznego zapalenia poprzez umieszczenie w otworze wylotowym zapalarki. W przypadku modeli ręcznych zaleca się wzrokową kontrolę w czasie napełniania palnika biopaliwem. Inaczej możemy narazić nasz biokominek na przelanie. Rozwiązanie manualne nie posiada wskaźnika poziomu paliwa, a więc nie jesteśmy w stanie sprawdzić w jego przypadku, ile biopaliwa zostało w zbiorniku oraz na jak długo nam wystarczy. Biokominek z palnikiem automatycznym jest nieco wygodniejszy. Urządzenie to – jak sama nazwa wskazuje – działa automatycznie. Modele te są droższe, bowiem zapewniają najwyższy komfort obsługi – bez konieczności ingerencji ze strony właściciela urządzenia. Warto nadmienić, iż biokominek tego rodzaju jest również w pełni bezpieczny. Biokominek z paleniskiem automatycznym wyposażony jest w szereg czujników, których praca odpowiada za bezpieczeństwo całego urządzenia. Są to: czujnik bezpieczeństwa wyłączający urządzenie w chwili wystąpienia błędu, czujnik mierzący poziom dwutlenku węgla, czujnik mierzący temperaturę w każdej części biokominka, czujnik poziomu paliwa w biokominku, czajnik uniemożliwiający działanie palnika w chwili otwartego wlotu zbiornika, a także czujnik wilgotności w najważniejszych częściach palnika.
